UIN Jakarta kembali membuka pendaftaran mahasiswa baru untuk tahun ajaran 2008-2009. Dalam hal ini UIN membuka pendaftaran dalam lima jalur.

Jalur pertama melalui Penelusuran Minat dan Kemampuan (PMDK). Caranya UIN melakukan pengiriman surat undangan kepada 607 SMA, ALIYAH, dan Pesantren seluruh Indonesia yang terakreditasi peringkat A dan B. Pendaftar yang ikut sebanyak 1366 orang. Sedangkan yang berhasil lulus seleksi hanya sebanyak 788 orang. Namun, hanya 660 yang melakukan daftar ulang.
Jalur berikutnya yang dapat diikuti oleh calon mahasiswa adalah dengan kerjasama Departemen Agama dan Kemitraan daerah. Kerjasama melalui Departemen Agama yaitu hanya dilakukan di seluruh pesantren-pesantren di Jawa, Sulawesi, Kalimantan, dan Sumatera. Sebanyak 10 orang dinyatakan lulus seleksi masuk kedokteran, 10 orang lulus Farmasi, 10 orang lulus jurusan kesehatan masyarakat, serta 10 orang dinyatakan lulus seleksi jurusan keperawatan. Semua seleksi ini dilakukan oleh Departemen
Agama dan dibiayai oleh Departemen Agama melalui program peningkatan pondok pesantren.
Melalui Kemitraan daerah UIN Jakarta mendapat tawaran kerjasama dari pemda Musi Banyuasin (MUBA) Sumsel. Diadakan seleksi di MUBA dengan jumlah 80 orang. Lalu yang memenuhi syarat sebanyak 10 orang dengan perincian 5 orang untuk program studi pendidikan kedokteran dan 5 orang untuk program studi Farmasi. Semua biaya menempuh perkuliahan dibiayai oleh pemerintah MUBA.

“Calon mahasiswa pada program kerjasama ini sedang mengikuti matrikulasi selama 1-2 bulan yang dilaksanakan oleh FKIK” ujar Kepala Biro Administrasi Akademik & Kemahasiswaan Drs. H. Abd. Shomad saat ditemui di ruangannya di gedung rektorat. Matrikulasi dilaksanakan untuk peningkatan kemampuan dan wawasan santri agar dapat setara dengan lulusan SMA dan Aliyah sehingga diharapkan tidak menemui kendala kedepannya.
UIN Jakarta juga bekerjasama dengan 4 (empat) universitas lain yaitu UI, UNJ, UNHAS Makassar dan UNSU mengadakan UMB (Ujian Mandiri Bersama). Data kelulusan yang diterima di UIN sebanyak 410 orang dan yang melakukan daftar ulang sebanyak 248 orang.
UIN Jakarta membuka pula jalur penerimaan mahasiswa baru melalui SNMPTN. Melalui jalur ini belum diketahui secara pasti berapa jumlah mahasiswa yang diterima. Hal ini baru dapat diketahui nanti setelah diadakan rapat panitia pada tanggal 14 juli.
Kemudian melalui jalur yang saat ini sedang dilaksanakan adalah jalur UML (Ujian Mandiri Lokal). Seleksi ini dilakukan pada tanggal 22-24 juli 2008. Teknis penilaian UML ini dengan menggunakan proses scanning dan dilakukan perankingan. Pengumuman lulus seleksi dilaksanakan pada tanggal 16 Agustus 2008, kemudian daftar ulang dapat dilakukan pada 17-19 Agustus 2008. Kuota mahasiswa yang diterima di UIN Jakarta sekitar 50-60 % diperoleh melalui jalur ini.